Der Prozess hat eine flexible Struktur ohne zentralen Koordinierungsmechanismus. Von 2014 bis 2020 wurden die jährlichen Gipfeltreffen jeweils von einem EU-Mitgliedstaat ausgerichtet. 2020 wurde das Gipfeltreffen gemeinsam von Nordmazedonien und Bulgarien gemeinsam ausgerichtet.
Im Rahmen des Prozesses findet eine Reihe von Treffen statt:
- Jährliche Treffen der WB6 und der jeweiligen Gastgeberländer des Berliner Prozesses auf der Ebene der Staats- und Regierungschefs und Minister, mit hochrangigen Vertretern der EU und der Mitgliedstaaten, internationalen Finanzinstitutionen und regionalen Organisationen, die am Prozess beteiligt sind – die Westbalkan-Gipfeltreffen
- Jährliche Treffen der Zivilgesellschaft, der Jugend und Unternehmen der Region
- Vorbereitungstreffen auf Ministerebene, aktuell der Außen-, Gesundheits-, Innen-, und Wirtschaftsminister
- Vorbereitungstreffen der Zivilgesellschaft, der Jugend und Unternehmen
- Jährliche Konferenz der Nationalen Akademien der Wissenschaften
Der Prozess hat bisher zu einer Reihe von bedeutsamen Ergebnissen in allen vier Bereichen der regionalen Zusammenarbeit geführt - in den wirtschaftlichen, politisch- und sicherheitspolitischen und sozialen Bereich, sowie im Bereich des ökologischen Wandels.